2016年,10x Genomics公司推出ChromiumTM系統(tǒng),這是一套分子條形碼和分析系統(tǒng),由儀器、試劑盒和信息學軟件組成,能全面對接Illumina測序儀。
盡管哺乳動物胰腺的功能取決于不同細胞類型的復雜相互作用,但基因表達譜主要用大量混合物描述。從研究人員在這里以色列理工學院實施了基于液滴的單細胞RNA-seq測序方法,以確定來自四個人供體和兩個小鼠品系的超過12,000個個體胰腺細胞的轉(zhuǎn)錄組。
細胞可分為15個簇,這些簇與先前表征的細胞類型相匹配:所有內(nèi)分泌細胞類型,包括稀有ε細胞; 外分泌細胞類型; 血管細胞; 施萬細胞; 靜止和活化的星狀細胞; 和四種類型的免疫細胞。研究人員檢測了具有不同表達譜的導管細胞亞群,并用免疫組織化學染色法驗證了它們的存在。此外,在人類β細胞中,他們檢測到與功能成熟和ER應激水平相關的基因調(diào)控的異質(zhì)性。最后,他們使用單細胞數(shù)據(jù)對大量基因表達樣本進行去卷積,以檢測與疾病相關的差異表達。該數(shù)據(jù)集為發(fā)現(xiàn)新的細胞類型特異性轉(zhuǎn)錄因子,信號傳導受體和醫(yī)學相關基因提供了資源。
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