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轉(zhuǎn)錄組測(cè)序-毛白楊
行業(yè)新聞 2020-01-07

  2016年,10x Genomics公司推出ChromiumTM系統(tǒng),這是一套分子條形碼和分析系統(tǒng),由儀器、試劑盒和信息學(xué)軟件組成,能全面對(duì)接Illumina測(cè)序儀。

  木材形成影響木材的化學(xué)和物理性質(zhì),因此影響其作為建筑材料或生物燃料,紙漿和紙的原料的效用。為了獲得基因組范圍內(nèi)對(duì)木材形成中轉(zhuǎn)錄組測(cè)序變化和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的見(jiàn)解,北京林業(yè)大學(xué)的研究人員使用高通量RNA測(cè)序來(lái)表征來(lái)自張力木(TW),木材(OW)和成熟木質(zhì)部的成熟木質(zhì)部的cDNA文庫(kù)。普通木材(NW),在工業(yè)樹(shù)種毛白楊(Populus tomentosa)中。

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

  它們的測(cè)序產(chǎn)生140,978,316(TW),128,972,228(OW)和117,672,362(NW)讀數(shù),對(duì)應(yīng)于10,127(TW),10,129(OW)和10,129(NW)獨(dú)特基因。其中,361個(gè)基因在TW和OW之間差異轉(zhuǎn)錄(log2FC≥1或≤-1,F(xiàn)DR <0.05),OW和NW之間差異為2,658,TW和NW之間差異為2,417。這表明NW與樹(shù)枝中的木材明顯不同; GO術(shù)語(yǔ)分析還表明OW經(jīng)歷了更多的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序重構(gòu)。差異表達(dá)的基因包括97個(gè)編碼轉(zhuǎn)錄因子(TF),40個(gè)參與激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo),33個(gè)參與木質(zhì)素生物合成,21個(gè)參與類黃酮生物合成,43個(gè)參與細(xì)胞壁代謝,包括纖維素合成酶,蔗糖合成酶和COBRA。與TW或OW相比,超過(guò)一半差異表達(dá)的TF在NW中表現(xiàn)出低4倍以上的轉(zhuǎn)錄水平,表明不同木材類型的TF豐度差異顯著,并且可能在反應(yīng)木材的形成中起重要作用。此外,與TW相比,參與木質(zhì)素生物合成的大多數(shù)基因的轉(zhuǎn)錄物在OW中更豐富,這與OW的較高木質(zhì)素含量一致。

  基于不同基因的共表達(dá)模式,研究人員構(gòu)建了兩個(gè)用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡(luò),包括TF。最后,他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來(lái)驗(yàn)證鑒定的差異表達(dá)基因。表明不同木材類型的TF豐度差異顯著,可能在反應(yīng)木材的形成中起重要作用。此外,與TW相比,參與木質(zhì)素生物合成的大多數(shù)基因的轉(zhuǎn)錄物在OW中更豐富,這與OW的較高木質(zhì)素含量一致?;诓煌虻墓脖磉_(dá)模式,研究人員構(gòu)建了兩個(gè)用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡(luò),包括TF。最后,他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來(lái)驗(yàn)證鑒定的差異表達(dá)基因。表明不同木材類型的TF豐度差異顯著,可能在反應(yīng)木材的形成中起重要作用。

  此外,與TW相比,參與木質(zhì)素生物合成的大多數(shù)基因的轉(zhuǎn)錄物在OW中更豐富,這與OW的較高木質(zhì)素含量一致。基于不同基因的共表達(dá)模式,研究人員構(gòu)建了兩個(gè)用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡(luò),包括TF。最后,他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來(lái)驗(yàn)證鑒定的差異表達(dá)基因?;诓煌虻墓脖磉_(dá)模式,研究人員構(gòu)建了兩個(gè)用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序網(wǎng)絡(luò),包括TF。最后,他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來(lái)驗(yàn)證鑒定的差異表達(dá)基因?;诓煌虻墓脖磉_(dá)模式,研究人員構(gòu)建了兩個(gè)用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡(luò),包括TF。最后,他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來(lái)驗(yàn)證鑒定的差異表達(dá)基因?! ?/p>

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

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