2016年,10x Genomics公司推出ChromiumTM系統(tǒng),這是一套分子條形碼和分析系統(tǒng),由儀器、試劑盒和信息學(xué)軟件組成,能全面對(duì)接Illumina測(cè)序儀。
腫瘤來(lái)源的細(xì)胞系已成為促進(jìn)我們對(duì)癌基因功能和治療反應(yīng)的理解的重要模型。盡管已經(jīng)做出大量努力來(lái)確定癌細(xì)胞系組的基因組構(gòu)成,但轉(zhuǎn)錄組仍未得到充分研究。
Genetech的研究人員描述了675種人類(lèi)癌細(xì)胞系的RNA測(cè)序和單核苷酸多態(tài)性(SNP)陣列分析。他們報(bào)告了轉(zhuǎn)錄組特征的綜合分析,包括基因表達(dá),突變,基因融合和非人序列的表達(dá)。在編目的2,200個(gè)基因融合中,1,435個(gè)由先前未在融合中發(fā)現(xiàn)的基因組成,為進(jìn)一步研究提供了許多線索。研究人員將多種基因組和轉(zhuǎn)錄組特征結(jié)合在一種基于通路的方法中,以增強(qiáng)對(duì)靶向治療反應(yīng)的預(yù)測(cè)。這些結(jié)果為使用癌細(xì)胞系的研究提供了寶貴的資源。
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