單細胞的分離是單細胞測序領域的一個新嘗試,利用單細胞分離儀的應用來篩選目的B細胞并進行測序,為發(fā)現新的抗體藥物邁出了重要的一步。
作為全基因組測序的一種方法,單細胞RNA測序被廣泛地應用于單細胞水平面上來識別細胞的類型和變異狀況。利用細胞標記CD27和細胞活性染料的單細胞分離設備,能夠分離出單個活性的B細胞,從而對分離的單細胞基因狀況進行分析表達,并與靜息記憶的B細胞進行比較,可在單細胞水平研究基因表達上發(fā)現差異化。
在mCD40L-3T3中批量刺激人的幼稚記憶B細胞培養(yǎng)6天。采集CD27-PE和CellTrackerGreen對細胞進行染色。對PE/FITC雙陽性細胞的篩選應用單細胞分離儀,單細胞可被分選至96孔聚合酶鏈反應板內,在進行分離之前,4ul/孔裂解物被預先放置在聚合酶鏈式反應板上,經cDNA合成分析,其中百分之97為單細胞分離。
其次,通過擴大VH和VL抗體的變化區(qū)域的特異性基因或全轉錄組文庫制備的第二代測序獲得序列,參照靜息記憶b細胞BCR抗體表現資料組進行比較分析b細胞激活基因的差異c每個孔只有一套BCR轉錄本,而通過測序分析確定VH和VL抗體的質量充分表明只有一個細胞被分入了PCR管。
綜上所述,被分離出的單細胞的效率同時也證實了經過預處理和設門標準所獲取的B細胞是活性的。
此外,分離出的單細胞cDNA還可應用于隨后的單細胞轉錄組文庫制備和其免疫球蛋白輕重鏈可變區(qū)域的完整PCR。單細胞分離儀還提供了一個全新的桌面型單細胞分離平臺,能夠與下游的單細胞測序分析試驗進行無縫對接。
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